Wenn es wirklich so stark ist, wie du beschreibst, würde ich damit eher zum Lackierer fahren... Kostet natürlich, lässt dann aber hoffentlich nicht bei jedem Anblick den Ärger wieder hochkommen. 
Ansonsten kann ich die originalen Lackstifte von Toyota durchaus empfehlen. Da passt dann die Farbe auch genau und wenn man sich Mühe gibt, sieht man bei kleinen Stellen anschließend kaum noch etwas. Habe es aber eher für die klassischen Steinschläge vorne genutzt.
"Kratzerentferner" klingt eher nach Politur, das wird nichts ändern wenn es bis auf's Blech durch geht.